Le séquençage rapide donne des taux élevés de diagnostic de l’épilepsie néonatale dans les gènes

NEW YORK – Les premiers résultats d'une étude génomique multinationale sur l'épilepsie infantile ont montré que le séquençage rapide du génome entier (WGS) améliorait le rendement du diagnostic par rapport aux méthodes plus courantes, donnant ainsi l'espoir à ceux qui souhaitent que le test du génome entier devienne une norme de soins pour le diagnostic et le développement. plans de traitement pour les troubles génétiques chez les nouveau-nés.

Une étude publiée ce mois-ci dans Lancet Neurology a décrit le temps d'évaluation du gène-raccourcissement dans les services d'épilepsie pédiatrique (Gene-STEPS), le projet pilote et initial phare du Partenariat international pour la santé de l'enfant de précision (IPCHiP). Le document rapporte des données sur les 100 premières familles participant à Gene-STEPS, représentant les inscriptions pour les 12 mois terminés le 31 août 2022.

En utilisant le WGS rapide de trios parent-enfant, les cliniciens ont pu diagnostiquer l'épilepsie infantile chez 43 des 100 bébés étudiés, un rendement proche du rendement de 48 pour cent trouvé dans une étude antérieure avec un séquençage non rapide du génome et bien supérieur à ce que d'autres chercheurs ont réalisé avec des puces à ADN. panels de gènes et séquençage de l’exome.

"[N]ous démontrons l'utilité clinique immédiate des diagnostics génétiques pour les nourrissons et leurs familles dans la plupart des cas", ont écrit les auteurs. "Nos résultats soutiennent l'utilisation de tests génomiques rapides de pointe pour faciliter un diagnostic étiologique précoce qui peut éclairer une gestion ciblée urgente dans cette population vulnérable."

IPCHiP, et par extension Gene-STEPS, comprend le Murdoch Children's Research Institute à Melbourne, en Australie, l'Hospital for Sick Children (SickKids) de Toronto au Canada, le Great Ormond Street Institute of Child Health de l'University College de Londres au Royaume-Uni et Boston. Hôpital pour enfants aux États-Unis.

La coalition IPCHiP s'est formée en 2019. "Depuis lors, nous cherchons à tirer parti de l'expertise et des ressources dont nous disposons dans ces quatre principaux hôpitaux pour enfants pour tenter de faire progresser différents aspects des soins pédiatriques de précision", a expliqué Gregory Costain, spécialiste en génétique neuropsychiatrique. spécialiste chez SickKids et co-auteur de l’article du Lancet Neurology.

Costain a déclaré que l'objectif est de faire du WGS rapide un « test de premier niveau » pour les nourrissons souffrant d'épilepsie inexpliquée. L'article suggère que Gene-STEPS pourrait être exporté vers d'autres maladies dont la cause n'est pas claire mais dont on pense qu'elle est génétique.

Les quatre sites ont effectué le séquençage sur des instruments Illumina à lecture courte, mais chaque institution pouvait choisir différentes méthodes et outils pour l'analyse secondaire et tertiaire.

Dans l’optique de soutenir éventuellement un WGS rapide pour les nouveau-nés dans toute la province de l’Ontario, SickKids a mis en place de nouveaux protocoles et flux de travail dans son laboratoire de diagnostic clinique. Costain a déclaré que SickKids utilise le logiciel Dragen d'Illumina pour l'analyse secondaire, y compris l'appel de variantes et l'alignement. Pour l’analyse tertiaire, l’hôpital s’est tourné vers Emedgene, une application de curation et d’interprétation de variantes basée sur l’IA, un autre produit appartenant à Illumina.

Boston Children's sous-traite son WGS rapide à la société GeneDx, basée à Stamford, dans le Connecticut. Les hôpitaux d'Australie et du Royaume-Uni utilisent les infrastructures génomiques nationales et infranationales pour cette étude.

"Dans tous les cas, nous avons fait avancer le paradigme en utilisant le financement de la recherche pour soutenir le séquençage, car dans aucun de ces quatre endroits, le séquençage rapide du génome ne serait considéré comme un test clinique de routine pour tous ces bébés épileptiques", a expliqué Costain.

Il reste encore beaucoup à faire pour que le WGS rapide devienne un élément de routine du dépistage néonatal et des soins pédiatriques, comme l'intégration dans les flux de travail cliniques ainsi que la formation des praticiens de première ligne.

"En tant que généticien médical, je suis très investi dans l'idée de pouvoir accéder en temps opportun à des tests génétiques complets pour les patients", a déclaré Costain, mais cela nécessitera la génération d'une base de preuves allant au-delà du rendement du diagnostic.

"Je pense que nous pouvons en grande partie convenir que le séquençage du génome permettra d'aboutir à plus de diagnostics qu'une approche ciblée", a-t-il déclaré. "La question est de savoir si c'est rentable et s'il y a d'autres conséquences en aval, pour le meilleur ou pour le pire, dont nous devons être conscients avant que cela ne soit intégré en tant que tâche de soins de santé."